Jorge Lorenzo de Yamaha fue considerado como el hombre a vencer después de liderar en la tercera práctica, su primera vuelta fue de 1m54.959s, 0,667 segundos por delante del resto.
Pero en el último minuto, Márquez completó una vuelta brillante que incluyó un rebase a Valentino Rossi en la última curva y cruzó la línea justo detrás de Pol Espargaró y con 1m54.596s consiguió la vuelta más rápida de MotoGP de Brno.
Andrea Iannone consiguió el último lugar en la primera fila de la parrilla con una diferencia de 0.631s y le negó la oportunidad a Aleix Espargaró estar por primera vez en el año en la primera fila, dejándolo en el cuarto lugar, compartiendo la segunda fila con Héctor Barberá y Valentino Rossi.
Andrea Dovizioso se retrasó por un problema aparente de neumáticos y finalmente se estableció con el séptimo mejor tiempo, justo por delante Maverick Viñales, que tuvo que abandonar su segunda carrera con un problema de frenos.
Dani Pedrosa ocupará el noveno puesto, marcando un tiempo de 1m55.793s, y Bradley Smith, quien terminó 11º en la última práctica consiguió adelantar una posición y terminar cerrando los primeros 10.
RESULTADOS DE CALIFICACIÓN
| Pos | Piloto | Equipo | Moto | Tiempo | Diferencia |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Marc Marquez | Honda | Honda | 1m54.596s | – |
| 2 | Jorge Lorenzo | Yamaha | Yamaha | 1m54.849s | 0.253s |
| 3 | Andrea Iannone | Ducati | Ducati | 1m55.227s | 0.631s |
| 4 | Aleix Espargaro | Suzuki | Suzuki | 1m55.324s | 0.728s |
| 5 | Hector Barbera | Avintia Ducati | Ducati | 1m55.437s | 0.841s |
| 6 | Valentino Rossi | Yamaha | Yamaha | 1m55.509s | 0.913s |
| 7 | Andrea Dovizioso | Ducati | Ducati | 1m55.748s | 1.152s |
| 8 | Maverick Vinales | Suzuki | Suzuki | 1m55.787s | 1.191s |
| 9 | Dani Pedrosa | Honda | Honda | 1m55.841s | 1.245s |
| 10 | Cal Crutchlow | LCR Honda | Honda | 1m55.930s | 1.334s |
| 11 | Bradley Smith | Tech3 Yamaha | Yamaha | 1m56.115s | 1.519s |
| 12 | Pol Espargaro | Tech3 Yamaha | Yamaha | 1m56.522s | 1.926s |
| 13 | Scott Redding | Pramac Ducati | Ducati | 1m56.263s | – |
| 14 | Eugene Laverty | Aspar Ducati | Ducati | 1m56.535s | – |
| 15 | Stefan Bradl | Aprilia | Aprilia | 1m56.718s | – |
| 16 | Danilo Petrucci | Pramac Ducati | Ducati | 1m56.148s | – |
| 17 | Loris Baz | Avintia Ducati | Ducati | 1m56.797s | – |
| 18 | Yonny Hernandez | Aspar Ducati | Ducati | 1m56.805s | – |
| 19 | Alvaro Bautista | Aprilia | Aprilia | 1m57.062s | – |
| 20 | Tito Rabat | Marc VDS Honda | Honda | 1m57.606s | – |
